Le conflit entre l’Arménie et l’Azerbaïdjan dans la région du Haut-Karabagh (région enclavée au sein de l’Azerbaïdjan mais peuplée majoritairement d’Arméniens) prend ses racines au début du XXème siècle lorsque l’Union soviétique décide de rattacher le Haut-Karabagh à l’Azerbaïdjan. En 1988, le Haut-Karabagh veut faire sécession vis-à-vis de l’Azerbaïdjan et se rapprocher de l’Arménie. Cette volonté d’autonomie, au moment où l’URSS se dissout et où les pays retrouvent leur indépendance, marque le début de la première guerre du Haut-Karabagh (1991-1994) opposant les Arméniens de l’enclave, avec le soutien de l’Arménie, à l’Azerbaïdjan.  

Les troupes armées de chaque pays sont envoyées dans le Haut-Karabagh pour soutenir les populations respectives. Les Azéris sont expulsés d’Arménie, et les Arméniens expulsés d’Azerbaïdjan.

Le 16 mai 1994, un accord de cessez-le feu est signé entre les deux Etats mais aucun véritable accord de paix n’est officialisé. L’Arménie et l’Azerbaïdjan se disputent toujours le statut administratif et politique de la région du Haut-Karabagh ainsi que le tracé des frontières. Les forces armées azéries font des incursions sur les territoires arméniens que l’Azerbaïdjan considère comme lui appartenant. Des combats aux frontières ressurgissent régulièrement.

En avril 2016, des combats intenses se produisent dans la région contestée entre les forces arméniennes et les troupes azerbaïdjanaises. Cette guerre de quatre jours fait au moins 200 morts et provoque le départ d’environ 2 300 personnes, majoritairement femmes, enfants, personnes âgées.

En 2020 a lieu le "deuxième conflit du Haut-Karabagh", après celui de 1991-1994, qui se solde par la mort de 6 500 personnes au moins et la victoire de l'Azerbaïdjan qui reprend des territoires perdus en 1994, notamment au sud du Haut-Karabagh. L'Arménie est contrainte de céder à l'Azerbaïdjan des territoires autrefois conquis, notamment la capitale historique de la région, Chouchi.

Les 12 et 13 septembre 2022, l’Azerbaïdjan bombarde des positions militaires sur le territoire arménien. Le 13 octobre 2022, l’Organisation des Nations unies indique dans un communiqué que l’Arménie dénombre plus de 207 morts côté arménien, dont des civils, des blessés et disparus, et 7 600 personnes déplacées à cause de la reprise des combats.

Des soldats et des civils sont victimes d’exactions de la part des forces azerbaïdjanaises et les populations sont privées de nombreux droits : droit à la sécurité, droit de se déplacer, droit à l’éducation, notamment. Des dizaines de prisonniers de guerre arméniens capturés en 2020 seraient restés en détention en Azerbaïdjan. Les prisonniers de guerre arméniens sont soumis à des sévices physiques et des traitements humiliants. Le 14 octobre 2022, Human Rights Watch déclare avoir analysé des vidéos publiées sur les réseaux sociaux début octobre 2022 et montrant l'exécution extrajudiciaire d'au moins sept prisonniers de guerre arméniens, « apparemment par les forces azerbaïdjanaises ».

La défenseure des droits de l’homme d’Arménie déclare le 13 octobre 2022 que l’agression azerbaïdjanaise contre l’Arménie lancée en septembre 2022 a affecté de manière disproportionnée des milliers de femmes et de filles arméniennes déplacées. Elle ajoute : « Les crimes de guerre commis par le personnel militaire azerbaïdjanais ont été perpétrés avec une cruauté particulière envers le personnel féminin, ciblant leur sexe et leur appartenance ethnique ».

La liberté de circulation est gravement entravée, par le statut juridique et diplomatique ambigu du Haut-Karabagh, l’instabilité du cessez-le-feu et la présence de mines terrestres, qui continuent de faire des morts et des blessés. Les écoles sont fermées, parfois des établissements sont touchés par des bombardements. Les enfants sont privés du droit à l'éducation et de la possibilité d'assurer la poursuite de leurs études.

Les combats militaires réguliers à la frontière menacent la sécurité et les moyens de subsistance des civils résidant dans les villages du Haut-Karabakh et le long de la frontière entre l’Arménie et l’Azerbaïdjan, principalement du côté arménien.

Malgré cette situation, l’Arménie est toujours dans la liste des pays considérés comme des « pays d'origine sûrs » par l’Office français de protection des réfugiés et apatrides (OFPRA), « au regard des garanties de protection que les autorités de ces pays offrent contre les persécutions et les mauvais traitements ainsi que sur les sanctions qu'elles prévoient en cas de violation avérée des droits individuels ».